出于关于中国历史学在经历整体的根本性的改造的认识和对于方法论的兴趣，他一方面对西方科学哲学加以探讨，试图汲取有助于整理史学理论思想的要素，同时对马克思主义关于历史认识的哲学性思想的演变进行摸索，并力求沟通两者的关系。他在1988、1989两年发表的论文《卡尔·波普的科学哲学观念与史学方法论的再思考》、《历史认识的相对性》、《历史比较研究的观念》、《历史发展动因论》、《斯大林社会发展五阶段图式探源》等，以及当时已经完成但迟至1993年才发表的《科学哲学与历史学的观念》，都是在这种思路下完成的。1989年，他主持东北师大历史系教师完成了《历史理论基本问题》一书，并在该书中写作了关于历史观的包含"历史规律"、"历史发展的动因"和"社会形态"的三节。这些著述中的比较突出的创见包括：第一，把波普尔等人的科学哲学思想引入对中国史学观念改造的思考中。现代西方科学哲学对科学发现的逻辑形式做出的积极探讨被吸收到来分析历史学的本质和历史认识的进程，并提出了历史具有一种"精神结构"的观点；第二，指出马克思主义的历史认识论的重要思想是历史认识的相对性，并依据这种思想进一步对历史认识相对性这一命题做了概括，这为理解马克思主义历史认识论与当代史学观念的关联性提供了基础；第三，剖析了80年代关于"历史创造者"问题争论中包含的被普遍忽视的概念逻辑混乱，并提出该问题从属于历史的因果观问题，进而对各种历史发展动力论的问题和价值做了分析，指出了过度追求关于历史动因的"终极"性本身在理论和实践上都是成问题的。第四，对马克思主义关于社会形态的学说史进行研究，探讨各种社会形态概念的相互关系，提出五阶段说是列宁--斯大林的社会形态说，理论上与恩格斯晚年的社会形态学说有渊源关系但关注的对象并不相同。而马克思的社会发展五形态说的内涵与列宁-斯大林图式根本不能重合。马克思的五形态表述是逻辑的而不是历史的，列宁-斯大林图式中的五形态则是历史的。马克思的三大形态学说有更为普遍的与历史的一致性和逻辑涵盖性。但从实证的意义上说未来的社会形态在实践中形成而不在理论中定位。第五，历史具有规律性但历史认识的意义不限于发现规律，历史的非规律性的方面也是历史研究的对象，历史的规律性并不就在于物质性，也不就在于必然性和统一性，应注意从"精神结构"的角度来考察历史的规律性。历史规律有较强的概然性、它本身是历史的即是和时间相关的、其中包含人的意志。因为历史没有完结，从实证的立场上说，概括历史规律的归纳例证也就还没有充分展现出来，所以关于历史规律的认识刚刚开始。90年代，赵轶峰赴海外学习和研究，2000年回国后的理论兴趣更趋于与历史研究中的具体问题的结合和对西方史学思想的研究中，其旨趣可见于他的《历史分期的观念与历史编纂学的实践》，其已经完成的工作则体现在他为他与赵毅共同主编的《中国古代史》一书所写的导言中。赵轶峰在80年代后期曾参与蒋大椿主编的《史学探渊：中国近代史学理论文编》选编整理工作。
　　周巩固对史学理论的探讨侧重于对西方史学思想的分析。在他为2004年在台湾举行的纪念康德逝世200周年大会所提交的《从对抗走向和谐的人类历史──释读康德的历史观》论文中，周巩固从康德所提出的"人的非社会的社会性"理论出发，结合人类历史--尤其是结合康德以后的人类历史史实，探讨了人性在人类历史进程中的作用，揭示了康德这一理论的合理内涵。周巩固在发表的《关于中国高校史学理论教学的思考》一文中指出当前中国高校普遍存在着史学理论与具体的历史教学严重脱节问题，主张研究历史应该既重视物质因素也要注重精神因素在人类历史进程中的作用。对历史研究应该谨慎地持有一种相对主义的态度和方法，并且提出史学理论和史学方法应该多样化的主张。