从20世纪90年代起，历史系的思想史研究，开始由以往的个案研究，朝中国古代特有的思维模式及其内在理路的研究方向上转移，并部分地将研究的参照系移诸西方。结合存在主义哲学家雅斯贝尔斯和神学家蒂利希的重要理论观点和中国传统思想的实际状况，韩东育首次对中国古代的"终极关怀"思想进行了系统而全面的整理，认为，中国古代"终极关怀"思想，主要包括"天人关系"、"人际关系"和"身心关系"这三大基本关系。该研究的标志性成果--《天人·人际·身心：中国古代"终极关怀"思想研究》（东北师大出版社，1994年），是中国大陆第一部系统探讨中国古代终极关怀思想的专著，比较全面地反映了中国古代思想家（从先秦到宋明）对于终极关怀的思考，也"比较全面地把握了终极关怀的基本精神，颇有心得"（张岱年序）。其特征表现为以下三点：一是论述的全面性，如讨论了不为当代新儒家重视的荀子，尤其是对战国末期到汉初杂家著作在终极关怀讨论上的重视；二是注意历史性，而没有光谈概念。从而使人得以了解某种观念所得以产生的现实条件；三是侧重于观念形成史的考察。它展开于作者对"天人合一"命题三个发展阶段的合理描述和杂家著作"全面地展现了儒道整合的首次盛况"等观点与结论中，尤其是后者。有学者认为，"对于这一过程的强调不能不说是作者的一个创见"（赵利栋："中国古代的终极关怀--读《天人·人际·身心》"，《社会科学战线》，1996年第2期）。《文摘报》曾对此进行了论点摘编（1064期）。1995年，该书被评为吉林省社会科学优秀成果奖一等奖。作为思维模式及其内在理路研究上的重要铺展，韩东育有关道家的"无条件辩证法"、有关法家的"君主与法律并列第一"等学术观点以及"中国文化现象中的'内平衡'与'外平衡'"、"关于儒·道·佛三家的理论极限"等文章，亦多被《中华读书报》和中国人民大学《报刊复印资料》介绍、摘引和全文转载。
　　然而研究显示，以儒家思想为核心的固有思维模式、内在理路，以及建立于其上的"终极关怀"思想，充其量只能产生和存在于中国古老的农业文明的基础上，唯此也就不可能生发出更多的近现代意义。古代印度佛教对儒家的挑战与近代西方文化对于儒学挑战的本质差异在于，前者是"形而上"而后者是 "形而下"。如果说对 "形而上"的挑战必须待之以 "形而上"的办法，那么，对待"形而下"的威胁，则只能应之以"形而下"的理论。中国古代终极关怀思想研究，对于理清和看清中国儒道释三家的思想特质，是重要的。然而其于近现代的失败，在证明中国式终极关怀的有效范围只能锁定于古典时代的同时，也日益凸显出对"形而下"理论、特别是对中国传统和与中国有过共同思想资源的日本新传统中有关这一类思考的关注与发掘所具有的现实意义和未来价值。学科本身的逻辑伸展，使中日思想史比较研究以及对东亚思想史的系统考察工作，被列入日程。
　　日本是"儒家资本主义"的观点，长期以来一直是中日思想史比较研究领域的主流话语。然而实际上，就观念形态的主调而言，日本的近代化，自始至终都是一个"脱儒"的过程。无论是近代的明治维新还是它的胚胎期--江户时代，都未尝离却"脱儒"原则跬步。韩东育经过在日本国多年的实地潜心研究，发现了这一点并对既有的成说进行了史实与理论上的解构。指出，如果认为明治思想家的工作实现了日本人近代观念的质变，那么，它的量变过程，却存在于维新发生之前。而尤为重要的是，这种变化，并非来自海外刺激，而是文化内视--对先秦实学思想的再诠释的结果。这个结果，刚好体现于江户中后期日本思想界所发生的"脱儒入法"运动这一历史性的转变过程中。