一、高度的理论和方法论的自觉。
　　本系(所)明清史研究的开拓者李洵就极为注重将历史唯物主义的基本原理与中国历史研究的具体实际相结合，创立了独具特色的马克思主义明清史研究的学科体系。1956年出版的李洵《明清史》(人民出版社)，是新中国第一部有关明清两朝断代史的马克思主义史学著作，是创建明清史独立学科体系的首次尝试。该书明确将1368年至1840年的中国历史划分为五个时期十个阶段，以君主专制中央集权的消长与资本主义萌芽的发生滋长为主线，对明清两代重大历史问题俱有论列，颇多创见。此书的出版后，在海内外明清史学界产生了巨大影响,为新时代的明清史研究提供了一个强有力的范式，为数代有志研究明清史的年轻人指明了入门的路径。
明清史学科体系理论与方法的中心点是资本主义萌芽问题。但是，整个研究并没有被资本主义萌芽问题局限，而是以此问题为线索，逐步展开对明清时期社会历史各方面问题的研究，从而使得整个研究群体的科学研究，都具有一种内在的逻辑联系。
　　资本主义萌芽问题在许多学者那里，尤其是在一些专攻经济史的学者那里，研究的内容仅仅局限于狭义的生产关系的变化,局限于某些地区某些行业雇佣劳动和以获取剩余价值为目的的生产。但是，我系(所)的明清史研究对这一问题,一直就是放在社会结构变迁的框架内加以研究的，虽然社会结构的观念要到1980年代才在李洵给研究生的授课中明确提出。1950年代，李洵在研究资本主义萌芽问题时即研究了"明末东林党的形成与政治主张"的问题。1980年以后,李洵等学者从流民、海盗、城市结构、各阶级阶层力量的变迁、政治构造、清统一的局限性诸问题，对明清时期资本主义萌芽发展的阶段性、特征作了进一步的研究和概括，完善了明清史的学科体系。
　　这一学科体系方法论的另一个基本点是科学实证主义。对任何理论都不采取盲从的方式，而是严格明确界定其意义，使之能为中国历史的实际证实或证伪。因此，在我系(所)明清史研究的论著中见不到以经典著作的言论代替历史论证的现象，也见不到将中国的历史削足适履硬套入某一社会形态的作法。如对于后金国进入辽沈地区以前的社会性质，薛虹没有贴上奴隶社会或封建社会的标签，而是实事求是地指出:当时女真社会中基本社会关系有三种,"最基本的、决定着女真社会性质的是贝勒和诸申的关系"。
　　第三个基本点是比较的视野。比较的视野，一是中国通史的关照，一是世界史的观念。前者，李洵称为"通史感"。做明清断代的研究，总是怀着与其他时代相对照的观念，不管这种观念在研究中是否明确表述。中国历史的问题只有在世界史中才能说明白。资本主义萌芽问题其实就是一个中西比较的问题。而且，当代世界学术思潮互相影响的趋势愈益增强，中国史研究的本身亦越发成为一种比较研究。新一代的研究者，继承了这种学术特色，加之与前辈许多人都具有国外留学的经历，更自觉地将以资本主义萌芽为中心的研究拓展为社会结构的研究，并使之渐渐具有了丰富明晰的内涵。