陈连庆研究魏晋经济史的精辟见解，都寓于不久前问世的《<晋书·食货志>校注<魏书·食货志>校注》这部遗著中。本书名为校注，连起来实际上是一篇篇独立成章的好论文。如对曹魏屯田的论述，对西域入贡条的注，对司马氏在淮河流域屯田的考证，对永嘉乱后北方人口的论述，关于"衣食客""荫客"的注，关于魏晋时期在南北朝各地所修建水利工程的考证、关于拓跋氏封建化的论述等等都有独到见解闪烁其间。正如何兹全教授在序言中所云："连庆的注，实际上就是他的作，在《<晋书·食货志>校注<魏书·食货志>校注》中蕴含着连庆对魏晋南北朝史的大学问。"
　　此外，陈连庆对汉代的农民起义，汉代的物价以及魏晋南北朝的胡姓问题都有撰述。《两汉之际河北农民军杂考》、《<史记·货殖列传>所记的两汉物价》、《东晋南朝胡越出身将帅考》等，均是有独到见解的论文。陈连庆的又一部力作《中国古代少数民族姓氏研究――秦汉魏晋南北朝少数民族姓氏研究》的问世填补了民族史、姓氏学研究的空白，书中所收少数民族姓氏，时间断限上及秦汉，下至隋统一，民族则包容南北，兼及胡夷蛮越，其编排方法以姓系事，先考证姓氏及族属源流，次引事例，颇具宏丰，反映了先生的治史功力。
　　中西交通史的研究。陈连庆发表了《公元七世纪以前中国史上的大秦与拂菻》，对大秦、拂菻的名称作了透辟的考证，并论及了中国和罗马之间的经济文化的联系。他发表了《汉唐之际的西域贾胡》，对这一历史时期西域贾胡的活动状况作了全面系统的研究，填补了中西交通史研究中的空白。他还撰写了《<魏书>本纪中地望不详的西域诸国考略》、《<魏书>本纪中所见印巴次大陆诸国考实》，确定了有关国家的地望，证明了北魏后期中国同萨珊王朝、*哒、眧武九姓诸国、印度以及拜占廷帝国的往来是十分密切的。
　　对南海交通的研究，陈连庆注意到为前人所忽略的孙吴时期朱应、康泰的出使扶南。先生在《孙吴时期朱应、康泰的扶南之行》一文中，对朱应、康泰的出使目的、出使的路线以及东南亚各国的经济文化情况作了详实的考证，认为他们出使扶南的活动，可以与张骞通使西域先后媲美。《<大德南海志>研究》和《<大德南海志>所见西域南海诸国考实》是先生研究元代在《永乐大典》中发现的一些佚文。通过对这一文献的整理和研究，先生发现，元初广东港的商品贸易，已经具有世界规模，进口商品种类繁多，应该对元代的海外贸易做出重新估价。另外，关于日本邪马台国的地望问题，陈连庆撰写了《邪马台地望考》，根据我国大量文献的记载，指出邪马台位置应该在日本的畿内，而不在九州。
　　历史文献学的研究。陈连庆在历史文献学的研究上，有很深的造诣。他对古文献的辨伪、断代、校勘、辑佚、目录以及版本都　有很多独到见解。他发表了《〈周礼〉成书时代的探索》，文中认为《周礼》是兼综儒法的一家之言，全书贯穿着以儒家为体、法家为用的精神。值得注意的是，它同《吕氏春秋》、云梦《秦律》《日书》有许多相同的用语。《周礼》制作的上限不早于商鞅变法，它的下限也不会晚于河间献王在位之时，《周礼》成书年代的最大可能，是在秦始皇之世。
《〈禹贡〉研究》一文认为《禹贡》和禹的关系不大，它不是夏代，也不是殷商、西周或春秋的作品，而是地道的战国作品。他还发表了《<列子>与佛经的因袭关系》一文，把《列子》的成书，同佛经结合起来进行考察。
　　题名为晋嵇会著的今本《南方草本状》，一直被认为是晋代的作品，而且被看作是我国第一部植物志。余嘉锡先生发现了此书的作伪痕迹，在此基础上，陈连庆写成《今本<南方草木>研究》，对《草木状》一书84条，证明其中有60多条均自其它古书稗贩而来。今本《草木状》不是晋人作品，它的作者也不是嵇会，而确确实实为南宋作品，至少在南宋初年已经成书。