刘厚生多年来从事满语、萨满教和东北民族史的教学与研究，创获颇多。他的《满语语流音变刍议》（《满族研究》1986年第1期）、《满语文教程》（吉林文史出版社1991年）、《简明满汉辞典》（河南大学出版社1988年）、《旧满洲档研究》（吉林文史出版社1995年，该书为中华社科基金项目结项，并获教育部人文社会科学奖）、《关于萨满教的界定、起源与传播》（《世界宗教研究》1995年第1期）、《中国东北民族与疆域研究》（时代文艺出版社2001年）等论著，具有鲜明的东北区域特色，受到学界的好评。近年来，随着研究范围的扩大，刘厚生组织一批相关的研究人员，依托中国社会科学院和吉林省地方政府，于1998年和1999年先后在历史系成立了"东北民族与疆域研究中心"和"中国边疆地区历史与社会研究东北工作站"，并承担了"当前朝鲜半岛形式的发展变化对我国的影响"（刘厚生）、"长白山地区历史与文化及其归属问题研究"（刘厚生）、"外国人在吉林省珲春市从事教育活动调查"（王景泽）、"关于国外宗教势力对我国东北地区宗教渗透问题的调查及其对策"（刘厚生）、"中韩关系研究"（权赫秀）、"数字东北"（集体）等国家社科基金、中国社科院以及东北师大等重要科研项目。上述课题，对于推动东北地区的历史与现状研究、为政府部门提供学术与政策咨询，将发挥重要的作用。